2000-ben alakult meg jelenlegi formájában a Győri Egyházmegyei Levéltár, amely ekkortól foglalja el a győri Püspökvárban számára átalakított épületrészt. Korábban a püspöki levéltárat a Püspökvár tornyában, a káptalannál őrzött levéltárakat a Székesegyház egyik karzati helységében tartották, a kutatás szempontjából mostoha viszonyok között, az állagmegőrzés tekintetében azonban a körülményekhez képest aránylag megfelelően. A Győri Egyházmegye két ún. nyilvános magánlevéltár, a Győri Püspöki és Káptalani Levéltár, valamint a Soproni Társaskáptalan Levéltára összevonásával hozta létre a levéltárat. Előbbi már eleve több irategyüttest tömörített: a Győri Püspökség levéltárát, a Győri Káptalan magánlevéltárát, a pápoci prépostság és a győrhegyi Szent Adalbert prépostság iratait. Ezekhez társult a káptalan országos (ún. hiteleshelyi) levéltára 2000 októberében, amelyet a Győr-Moson-Sopron Megye Győri Levéltárától vettünk át.
Az így kialakult gyűjtőlevéltár azóta is bővül letétekkel, hagyatákokkal, valamint az egyházmegye, annak iskolái és a plébániák iratanyagával, hiszen 9 éve egyedülálló iratbeszállítási programot valósítunk meg, melynek során immár 110 fölé nőtt az érintett plébániák száma, amelyek iratanyaga levéltárunkban kutatható. 
A levéltár újjáalakulása óta az itt őrzött dokumentumok mintegy kétharmadát rendeztük, dobozoltuk, számítógépes segédlettel láttuk el. Megyéspüspök úr egy minden szempontból korszerű, jól megközelíthető, az állagmegőrzést leginkább lehetővé tevő levéltárépületet bocsátott rendelkezésünkre három raktárhelységgel, melyek a jelenlegi iratmennyiséget – kb. 1250 iratfolyóméter – helyszűke nélkül képesek befogadni. Bár az Egyházmegyei Levéltár a városi és megyei levéltárakhoz nem mérhető az őrzött anyag mennyiségét tekintve, a kutatók felfedezték az itt fellelhető értékeket, amelyet a kutatási esetek 2000 óta tartó folyamatos növekedése jelez. Jelenleg évente 6-700 látogatást regisztrálunk. Az iratanyag sokféle kutatási témára szolgáltat adatot. Egyházi ügyek (pl. plébániatörténet) mellett elsősorban az egyház által fenntartott iskolák kutathatók, illetve helytörténeti adatok találhatók (az Acta parochialia sorozat és az egyházlátogatási jegyzőkönyvek mellett) főként a káptalan, a pápoci prépostság és a püspökség birtokairól (pl. uradalmi, folyószabályozási és kataszteri térképek, adóösszeírások). A püspökség 17-18. századi uradalmi sorozata (Capsarium) is különleges kutatási lehetőségeket rejt, ennek ellenére kevésbé ismert. A viszonylag ép káptalani hiteleshelyi levéltár anyaga országos érdeklődésre is számot tartó dokumentumokat tartalmaz, hiszen a káptalant az egyházmegye határain túlról is számos nemes, polgár és jobbágy kereste fel, hogy vele foglaltassa írásba magánjogi ügyeit (pl. végrendeleti könyvek). Különösen bőséges és értékes ebből a 16-17. századra vonatkozó forrásanyag, ám ennek ellenére sem került a kutatói érdeklődés homlokterébe. Pedig a török kori Dunántúlról minden bizonnyal számos fontos és eddig ismeretlen adatot tartalmaz. Anyakönyvi sorozataink a családkutatást szolgálják, ideértve mind a plébániákról beszállított anyakönyveket, mind a mikrofilmmásolaton meglévőket. A levéltár anyaga – a káptalan hiteles helyi levéltárát kivéve – szorosan összefügg az egyházmegye mindenkori határával. Például az anyakönyvi másolatok mindig arra a püspökségre érkeznek amelyhez az adott időben tartoznak. Ez egyes falvaknál a 20. században többször is változott.
Nem kímélte a Győri Egyházmegyét az országhatár változása (1920, 1947) sem, ahogyan az egyházi szervezet átalakítása sem. A Szombathelyi Egyházmegye 1777. évi megalakulásakor például a területére vonatkozó iratok nagy részét elszállították. Az is különösnek tetszhet többek számára, hogy a Szigetköz nagyobbik része csak 1993. január 1-től tartozik Győrhöz, korábban az Esztergomi Főegyházmegye részét képezte. Az gyűjtemény munkatársai szoros szakmai és személyes kapcsolatot ápolnak a városban működő két önkormányzati levéltárral, Győr-Moson-Sopron Megye Győri Levéltárával, valamint Győr Megyei Jogú Város Levéltárával. Ennek látványos megnyilvánulása a Győri Levéltári Napok, amelyet a három levéltár évek óta közösen rendez meg.
További információ:
LUKÁCSI ZOLTÁN – VAJK ÁDÁM: A Győri Egyházmegyei Levéltár
Megjelent: Levéltári Szemle 52. (2002/1) 45–48.
http://www.natarch.hu/szemle/20021/lukacsi.html
HORVÁTH RICHÁRD: Újonnan előkerült középkori oklevélszövegek a Győri Egyházmegyei Levéltárban.
(Tapasztalatok középkori forrásanyagunk lehetséges kiegészítése terén)
Megjelent: Levéltári Szemle 54. (2004/3) 3–13.
http://www.mol.gov.hu/letoltes.php?d_id=24
VAJK ÁDÁM: Egyházközségi iratok beszállítása a Győri Egyházmegyei Levéltár háza tájáról. (Megjelent: Levéltári Szemle 57. (2007/3) 17-23.)